Joanna Szczepkowska jest córką Andrzeja Szczepkowskiego i Romy Parandowskiej oraz wnuczką Jana Parandowskiego. Zadebiutowała jeszcze w czasie studiów w spektaklu Trzy siostry w Teatrze Telewizji. Pierwszy raz na małym ekranie wystąpiła w serialu telewizyjnym Czterdziestolatek (w odcinku 1) w reżyserii Jerzego Gruzy do scenariusza reżysera i Krzysztofa Teodora Toeplitza. W 1975 ukończyła studia w PWST w Warszawie i zagrała w filmie Con amore (reż. Jan Batory). Za tę rolę dostała w 1976 nagrodę za najciekawszy debiut.

W latach 1975–1981 była aktorką Teatru Współczesnego w Warszawie, a w kolejnych latach Teatru Polskiego (1981−1988) i Teatru Powszechnego (1988−1992 i od 2000). Stworzyła kreacje dramatyczne (m.in. w Romeo i Julii, Królu Learze, Wujaszku Wani, Zdaniem Amy) oraz komediowe (Śluby panieńskie, Lekcja, Wesołe kumoszki z Windsoru). Zagrała również w kilkudziesięciu spektaklach Teatru Telewizji (m.in. Skiz Gabrieli Zapolskiej).